In 1987 blijkt dat het ijzer dat in de ramen is verwerkt, verroest is waardoor het gaat uitzetten en de ramen dus letterlijk uit hun voegen dreigen te barsten. Een grondige restauratie blijkt nodig te zijn. Het totale project wordt begroot op F 345.000,-. Via subsidies van het Rijk en de gemeente Middelharnis zal er F 306.000 binnenkomen. Het resterende bedrag moet door de eigen gemeente betaald worden. Bijkomend probleem is ook dat de subsidies pas overgemaakt zullen worden in 1990 en 1991.
Via renteloze leningen financieren gemeenteleden ruim F 80.000,-. Die zullen terugbetaald worden zodra de subsidies zijn overgemaakt. Het verenigings-gebouw De Hoeksteen is aan een uitbreiding toe en dat wordt dan in het totaalplaatje meegenomen. De firma Huurman uit Delft voert het werk aan de ramen en ook diverse reparaties aan de muren uit.
In 1997 moesten de leien van het kerkedak nodig vernieuwd worden. Bij de inspecties door Monumentenwacht bleek de laatste jaren dat de bijna 50 jaar oude leien sterk achteruit gegaan waren. Ze waren geschilferd, bros en poreus geworden en de bevestiging had op diverse plaatsen gebreken. Door de poreuze leien was het dakbeschot ook aangetast. Op 20 december 1996 vond de aanbesteding plaats. Drie leidekkersbedrijven waren uitgenodigd om in te schrijven en uit hen werd aan de laagste inschrijver het werk gegund: de firma Jobse B.V. De firma Huurman werd ingeschakeld om het voegwerk van de muren, dat hier en daar slecht was, te herstellen. De totale kosten werden beraamd op F 700.000,-. In juni 1997 werd het werk opgeleverd.
In 1992 werd de Restauratiecommissie opgericht die in eerste instantie tot doel had via acties geld binnen te halen om weer kronen op te laten hangen in de kerk. Na de tweede brand van 1948 waren er wel kronen aangeschaft, maar uiteindelijk werden ze niet opgehangen, maar tenslotte verkocht. Het interieur van de kerk was saai, met grauwe muren en donkere eikenhouten banken. Na een goed actiejaar in 1993 was in 1994 het geld voor de kronen, f 50.000, in de kas en werden ze aangeschaft en op 17 september 1994 tijdens een feestelijke dienst overhandigd aan de kerkvoogdij.
V.l.n.r.: Bovenste rij, Cor Hameeteman, Frans van Nimwegen, Adrie van Eck, Jos Korteweg, Simon Blok. Tweede rij Clazien Westland, Annie van Klinken, Jannie van Dam, Lenie Drooger. Onderaan Anton Keizer en Han de Waard.
Daarna verzamelde de restauratiecommissie via allerlei acties geld voor een opknapbeurt van de muren van de kerk, wat voor het bedrag van f 80.000 plaats vond. De doopkamer en de consistorie, waarin veel slecht naoorlogs materiaal was verwerkt, kregen ook een update. Tenslotte volgde de grote restauratie van het interieur. De houten vloer was aangetast door houtworm en moest nodig worden vervangen. Dat bleek het juiste moment om ook de bestaande elektrische buisverwarming te vervangen door vloerverwarming, fraai afgewerkt met een plavuizenvloer Daarmee konden tegelijk de kokosmatten op de looppaden verdwijnen. De banken werden ontdaan van 40 jaar boenwas en kregen bijna hun oorspronkelijke kleur weer terug. De resten van de grafstenen die bij deze restauratie vanonder de houten vloer tevoorschijn kwamen, kregen in het koor een definitieve plaats. De totale kosten van dit project waren f 600.000 waarvan de Restauratiecommissie via een grote variëteit aan acties f 300.000 inzamelde.
Op 27 februari 1999 werd de kerk feestelijk weer in gebruik genomen
Impressies van het restauratieproces in 1998/1999