Al in de jaren negentig begon binnen de landelijke kerken het Samen op Weg-proces. Per 1 mei 2004 kwam er landelijk een fusie tot stand tussen de Nederlands Hervormde Kerk, de Gereformeerde kerken en de Evangelisch Lutherse kerk. Ook voor de Hervormde Gemeente van Middelharnis had dit grote gevolgen. Ruim 60 % van de gemeenteleden  scheidde zich af en sloot zich aan bij de nieuw gestichte Hersteld Hervormde Kerk.

Aanvankelijk werden zowel ’s morgen als ’s middags twee diensten gehouden. Ieder kerkgenootschap had z’n eigen dienst. De groep die de landelijke kerk ging verlaten, wilde het kerkgebouw in eigendom krijgen en dus zouden degenen die met dit afscheidingsproces niet meegegaan waren zelf een nieuw kerkgebouw moeten stichten. Hiervoor werd een gerechtelijke procedure aangespannen bij de rechtbank in Rotterdam, maar als gevolg van de uitspraak van de rechter moesten de leden van  de Hersteld Hervormde Kerk echter zelf een eigen onderkomen zoeken. Dergelijke processen hebben vanzelfsprekend een grote impact op het kerkelijk leven van ieder gemeentelid en gevolgen voor een lange termijn.

Na 2004 werden door de Jaarmarktcommissie, voortzetting van de Restauratiecommissie, weer enkele grote projecten voor haar rekening genomen: predikantenborden in de vorm van de kerkramen en liturgieborden voltooiden het interieur.